Разделы Партнеры Информация LinkXpress
Вход
Реклама на сайте

Мероприятия

26 Feb 2018 - 01 Mar 2018
05 Mar 2018 - 06 Mar 2018

Использование одноклеточной геномики способствует проведению оценки рака предстательной железы

Редакция HospiMedica - Россия
Опубликовано 23 Jan 2018
Print article
Диаграмма предстательной железы человека, имеющей примерно размер и форму грецкого ореха, разделенной пополам уретрой. Указаны местоположения каждого из отдельных фокусов биопсии. Информация, полученная с помощью одноклеточного секвенирования из клеток, взятых в каждом из фокусов, указывает на вероятное местоположение раковой опухоли (пунктирные линии, охватывающие фокусы 2, 3 и 6). Фото предоставлено лабораторией Cold Spring Harbor.
Диаграмма предстательной железы человека, имеющей примерно размер и форму грецкого ореха, разделенной пополам уретрой. Указаны местоположения каждого из отдельных фокусов биопсии. Информация, полученная с помощью одноклеточного секвенирования из клеток, взятых в каждом из фокусов, указывает на вероятное местоположение раковой опухоли (пунктирные линии, охватывающие фокусы 2, 3 и 6). Фото предоставлено лабораторией Cold Spring Harbor.
Проведение различия между вялотекущим и агрессивным заболеванием является серьезной проблемой при диагностике рака предстательной железы. Гистопатология биопсий тканей является стандартным методом, используемым для оценки риска развития рака. Многолетний опыт помог составить классификацию гистологических типов, коррелированных с клиническими исходами.

Появилось сообщение о проведении в небольшом масштабе испытания нового аналитического метода для улучшения раннего выявления потенциально летального рака предстательной железы. Была исследована применимость одноядерного метода секвенирования (single nucleus sequencing, SNS) для помощи в постановке диагноза на основе диагностических образцов биопсии; метод обещает более точно отделять мужчин, которым необходима хирургия, от тех, кто в ней не нуждается.
Команда ученых, сотрудничающих с лабораториями Cold Spring Harbor (CSHL, Нью-Йорк, штат Нью-Йорк, США), описала небольшое экспериментальное исследование одиннадцати пациентов. В восьми случаях сравнивалась геномическая патология на основе SNS с данными гистопатологии, основанными на стандартном окрашивании гематоксилином-эозином (H&E) материала диагностических пункционных биопсий. В общей сложности SNS была выполнена для 4021 ядра из 122 анатомических участков 11 пациентов, охватив широкий гистологический спектр от доброкачественного эпителия простаты до низкодифференцированной интраэпителиальной неоплазии предстательной железы (HGPIN) и выраженной карциномы (внутри и за пределами предстательной железы) как на ранней, так и на поздней стадии болезни.

Группа изолировала ядра из замороженных пункционных биопсий и биопсий, полученных вымыванием (biopsy washings). Материал был обработан, одиночные ядра отсортированы с помощью FACS с использованием проточного цитометра SORP. Одиночные ядра осаждались в отдельные лунки на 96-луночном планшете и были амплифицированы. Была проведена амплификация всего генома (WGA), и после этого ДНК WGA была обработана ультразвуком с использованием акустической системы фокусировки Covaris. Многочисленные библиотеки были объединены в пулы из 8-12 библиотек до пулов из 96 библиотек для однопоточного секвенирования 76 нуклеотидных оснований на отдельных дорожках проточных ячеек Illumina GAIIx и HiSeq соответственно.

Команда последовательно секвенировала геномы из нескольких сотен одиночных клеток, отобранных из биопсийных фокусов каждого пациента. Была поставлена цель найти определенные шаблоны для выявления нарушений в ДНК, называемых вариациями количества копий (copy-number variations, CNV). Используя вычислительные методы для сравнения моделей CNV, команда искала ячейки, чьи CNV-профили имели бы одни и те же нарушения. Это признак клонирования, поскольку раковые опухоли состоят из клональных клеток – генетически аберрантных клеток, которые происходят от единого изменчивого предка. Все параметры показали хорошую корреляцию с критерием злокачественности предстательной железы, индексом по шкале Глисона, полученным из отдельных ячеек ткани биопсии предстательной железы.

Так как тестируемый метод позволил получить оценки опухолей, более точно соответствующие заключению постхирургического патологического анализа (который выявляет фактическую патологию), чем соответствующие дооперационные предсказательные биопсии, Александр Красниц (Alexander Krasnitz), доктор философии, адъюнкт-профессор и ведущий автор исследования, сказал: “Это важно, потому что решения о лечении в таких случаях зависят от предварительной хирургической биопсии, а не от хирургического образца. Мы считаем, что одноячеечный анализ потенциально может расширить традиционную гистопатологию пункционной биопсии, значительно улучшая оценку риска и предоставляя информацию, которая способна повлиять на решение о лечении, особенно в пограничных случаях”. Исследование было опубликовано 27 ноября 2017 года в журнале Cancer Research.

Ссылки по теме:
Cold Spring Harbor Laboratory


Print article

Каналы

Химия

посмотреть канал
Система BCS XP – один из наиболее широко используемых, полностью автоматизированных анализаторов гемостаза (фото предоставлено компанией Siemens Healthineers).

Комплексное определение метаболического профиля рассмотрено при хроническом воспалении

Воспаление является ответной реакцией организма на повреждающие воздействия, связанные с активацией различных молекулярных механизмов.... Читать дальше

Молекулярная диагностика

посмотреть канал
NutriPhone - мобильная диагностическая платформа для мониторинга индивидуальных уровней витаминов и микронутриентов, адаптированная для работы с системой экспресс-анализов в пунктах оказания медицинской помощи (фото любезно предоставлено Корнеллским университетом).

Экспресс-анализ даст возможность выявлять недостаток питательных веществ и микроэлементов

Технология, которая может изменить способ тестирования дефицита питательных веществ во всем мире, основана на новой 15-минутной... Читать дальше

Гематология

посмотреть канал
Мазок периферической крови, взятой у пациента с эозинофилией, в котором видны пять эозинофилов (фото любезно предоставлено Госпиталем для больных детей в Торонто).

Связанный с уровнем эозинофилов биомаркер способствует выявлению агрессивной формы воспалительного заболевания кишечника

Эозинофилия периферической крови при воспалительном заболевании кишечника связана с неспецифическим язвенным колитом и активным... Читать дальше

Иммунология

посмотреть канал
Диагностика, понимание и лечение болезни Крона будут, по всей видимости, упрощены благодаря исследованию, направленному на разработку лучшего анализа крови для диагностики заболевания (фото любезно предоставлено Университетом штата Аризона).

Иммунопротеомика определяет новые биомаркеры для диагностики болезни Крона

Исследование, базирующееся на новом методе скрининга и направленное на разработку лучшего анализа крови для обнаружения болезни... Читать дальше

Микробиология

посмотреть канал
Анализ Aptima на Mycoplasma genitalium (фото любезно предоставлено Hologic).

Проведена оценка нового анализа Aptima на Mycoplasma genitalium

Возбудитель Mycoplasma genitalium (MG) часто вызывает негонококковый уретрит у мужчин , а также связан с цервицитом, воспалительным... Читать дальше

Лаб. технология

посмотреть канал
Система сбора культур крови SteriPath Gen2 (фото любезно предоставлено Magnolia Medical Technologies).

Использование специального устройства привело к снижению уровня контаминации культур крови

Использование механического устройства для извлечения исходных образцов при обучении персонала привело к почти четырехкратному... Читать дальше

Индустрия

посмотреть канал
По прогнозам специалистов, рынок анализов клинической химии будет расти на 3% в течение следующих пяти лет до 19,7 миллиардов долларов США в 2021 году (фото любезно предоставлено Shutterstock).

Рынок клинической химии достигнет 19,7 миллиардов долларов США в 2021 году

Ожидается, что рынок анализов клинической химии будет расти на 3% в течение следующих пяти лет, начиная с 17,8 миллиардов... Читать дальше
Copyright © 2000-2018 Globetech Media. All rights reserved.