Мы используем технологию cookie для понимания того, как вы пользуетесь нашим сайтом. Под этим подразумевается персонализированный контент и реклама. Для того, чтобы узнать больше - нажмите сюда. Пользуясь данным сайтом вы подтверждаете согласие с нашей политикой. Политика cookie.
Разделы Партнеры Информация LinkXpress
Вход
Реклама на сайте
ALTO/MARKETING LIMITED

BIO-RAD LABORATORIES

Provides full range of instrumentation, reagent kits, software and quality control systems to clinical laboratories. ... читать дальше Продукция: Больше продуктов

Анализ циркулирующей ДНК выявляет раковые мутации

Редакция HospiMedica - Россия
Опубликовано 25 Sep 2017
Print article
Считыватель капель QX200 Droplet для EvaGreen или применений цифровой зондовой PCR для использования с цифровой системой QC200 Droplet (фото предоставлено лабораториями Bio-Rad Laboratories).
Считыватель капель QX200 Droplet для EvaGreen или применений цифровой зондовой PCR для использования с цифровой системой QC200 Droplet (фото предоставлено лабораториями Bio-Rad Laboratories).
У раковых пациентов апоптотические и некротические опухолевые клетки высвобождают фрагменты своей ДНК в кровь. Такие ДНК обычно называют циркулирующей опухолевой ДНК (ctDNA), и они могут быть использованы для секвенирования ДНК или анализов молекулярного генотипирования для идентификации и количественного измерения молекул ctDNA, несущих соматические мутации.

Анализ с помощью одноцветной цифровой полимеразной цепной реакции (ПЦР) дает несколько преимуществ перед другими методами анализа циркулирующей опухолевой ДНК, по сравнению с направленным секвенированием следующего поколения и цифровыми ПЦР-анализами на основе флуоресцентного зонда. Главное преимущество заключается в том, что новый метод не полагается на предварительную амплификацию, которая может приводить к ошибкам и искажениям.

Ученые из Стэнфордского университета (Пало-Альто, Калифорния) получили образцы крови от пациентов, которым было сделано секвенирование гена диагностируемого рака их колоректальной аденокарциномы или холангиокарциномы и у которых имелись диагностические отчеты о мутации рака, доступные во время регистрации участников исследования. Команда использовала одноцветный цифровой ПЦР-анализ, который выявляет и количественно определяет мутации рака непосредственно из циркулирующей ДНК, собранной из плазмы больных раком. В основе этого подхода лежит использование красителя интеркалятора двухцепочечной ДНК и парных наборов ДНК-праймеров, специфичных для аллелей, для определения абсолютного количества мутаций и молекул ДНК, содержащих аллели дикого типа, присутствующие в образце.

Перед проведением цифровой капельной ПЦР (ddPCR) клеточные линии и фиксированные в формалине и залитые парафином (FFPE) образцы, содержащие геномную ДНК, были обработаны с помощью фрагментов рестриктазы EcoRI и подверглись дальнейшей обработке. ДНК, свободная от клеток пациента, не требовала ферментативной фрагментации, учитывая, что эти образцы уже сильно фрагментированы. Все процессы ddPCR были выполнены с использованием системы и протокола Bio-Rad EvaGreen QX200 ddPCR. После термического циклирования пластину переносили и считывали с помощью устройства Bio-Rad QX200.

В анализе бесклеточной ДНК в качестве входных данных используется 1 нг неамплифицированной ДНК, что составляет приблизительно 300 геномных эквивалентов, при этом существует молекулярный предел обнаружения трех мутантных эквивалентных по геному молекул ДНК для каждой аналитической реакции. После генерации индивидуализированных тестов на определение мутаций исследователи смогли идентифицировать циркулирующую опухолевую ДНК у трех из шести пациентов. У одного пациента анализ смог показать наличие трех различных мутаций. Для трех пациентов, у которых образцы не показали повышенные уровни раковой ДНК, во время сбора материала проводилось активное лечение.

Ханли П. Джи (Hanlee P. Ji), доктор медицины, адъюнкт-профессор и ведущий исследователь, говорит: “Молекулярные тесты, подобные тем, которые мы разработали, позволят пациентам проверять их состояние при каждом посещении и, следовательно, имеют потенциал для быстрого отслеживания роста и распространения рака. Более того, быстрый период реализации теста и относительно низкая стоимость, особенно по сравнению с секвенированием ДНК следующего поколения, предоставляют потенциальную возможность для универсального мониторинга большего числа пациентов, чем в настоящее время”. Исследование было опубликовано 14 августа 2017 года в The Journal of Molecular Diagnostics.




Print article

Каналы

Химия

посмотреть канал
Более высокие уровни воспалительного биомаркера растворимого рецептора-1  фактора некроза опухоли (sTNFR-1) связаны с ухудшением функции почек у здоровых взрослых людей (фото любезно предоставлено Enbrel).

Уровни воспалительного маркера связаны с ухудшением функции почек

Рецептор-1 фактора некроза опухоли (TNFR-1), который играет важную роль в дисфункции эндотелиальных клеток и воспалении,... Читать дальше

Гематология

посмотреть канал
Система HaloPlex обеспечивает быстрый, простой и эффективный анализ представляющих интерес участков генома для большого количества образцов (фото любезно предоставлено Agilent Technologies).

Идентифицированы мутации, которые служат причиной редкого расстройства костного мозга

Ученым удалось пролить свет на вопрос, на протяжении долгих лет волнующий медицинское сообщество: какие мутации ответственны... Читать дальше

Иммунология

посмотреть канал
Микрофотография гистологического препарата печени с многочисленными кистами цестоды гидатидного эхинококка, причины кистозного эхинококкоза, или гидатидной болезни (фото любезно предоставлено Д. Кухарским и К. Кухарской/D. Kucharski, K. Kucharska).

Оценены методы диагностики эхинококкоза мочевого пузыря

Эхинококкоз мочевого пузыря (ЭМП) является одним из наиболее распространенных гельминтозных зоонозов и вызван паразитарным... Читать дальше

Микробиология

посмотреть канал
Тест NADAL Malaria 4 (быстрый диагностический тест). Фото любезно предоставлено Налом фон Минденом /Nal von Minden.

Проведено сравнение диагностических методов по обнаружению малярии

Основной стратегией борьбы с малярией является быстрая и точная диагностика, за которой следует действенное лечение.... Читать дальше

Патология

посмотреть канал
Диссеминированные опухолевые клетки (ДОК), выделенные с помощью двойного иммунофлюоресцентного окрашивания (AE1AE3/NR2F1 и AE1AE3/ Ki67), и корреляция между экспрессией Ki67 и NR2F1 (фото предоставлено Школой медицины Икана Медицинского центра Маунт-Синай).

Неактивные диссеминированные опухолевые клетки стратифицированы у пациентов с раком молочной железы

У пациентов с раком молочной железы может наступить рецидив и последующая смерть по причине болезни через много лет после... Читать дальше

Лаб. технология

посмотреть канал
enVision: результаты тестирования обозначаются изменением цвета и могут быть дополнительно проанализированы с помощью приложения для смартфона, что делает его привлекательным в качестве портативного диагностического устройства (фото любезно предоставлено Национальным университетом Сингапура).

Разработан низкозатратный метод диагностики с использованием наноструктур

Обнаружение нуклеиновых кислот возбудителей имеет широкое применение в диагностике и лечении инфекций. Тестирование на вирус... Читать дальше

Индустрия

посмотреть канал
Мировой рынок диагностики IVD, как ожидается, будет расти на 4% ежегодно, до 77,8 миллиардов долларов США к 2023 году (фото любезно предоставлено iStock).

Мировой рынок диагностики in vitro достигнет 77 миллиардов долларов США к 2023 году

Мировой рынок диагностики in vitro (IVD) оценивается в 65 миллиардов долларов США в 2018 году и, как ожидается, будет расти... Читать дальше
Copyright © 2000-2018 Globetech Media. All rights reserved.