Разделы Партнеры Информация LinkXpress
Вход
Реклама на сайте
SIGMA ALDRICH CORP.

Анализ циркулирующей ДНК выявляет раковые мутации

Редакция HospiMedica - Россия
Опубликовано 25 Sep 2017
Print article
Считыватель капель QX200 Droplet для EvaGreen или применений цифровой зондовой PCR для использования с цифровой системой QC200 Droplet (фото предоставлено лабораториями Bio-Rad Laboratories).
Считыватель капель QX200 Droplet для EvaGreen или применений цифровой зондовой PCR для использования с цифровой системой QC200 Droplet (фото предоставлено лабораториями Bio-Rad Laboratories).
У раковых пациентов апоптотические и некротические опухолевые клетки высвобождают фрагменты своей ДНК в кровь. Такие ДНК обычно называют циркулирующей опухолевой ДНК (ctDNA), и они могут быть использованы для секвенирования ДНК или анализов молекулярного генотипирования для идентификации и количественного измерения молекул ctDNA, несущих соматические мутации.

Анализ с помощью одноцветной цифровой полимеразной цепной реакции (ПЦР) дает несколько преимуществ перед другими методами анализа циркулирующей опухолевой ДНК, по сравнению с направленным секвенированием следующего поколения и цифровыми ПЦР-анализами на основе флуоресцентного зонда. Главное преимущество заключается в том, что новый метод не полагается на предварительную амплификацию, которая может приводить к ошибкам и искажениям.

Ученые из Стэнфордского университета (Пало-Альто, Калифорния) получили образцы крови от пациентов, которым было сделано секвенирование гена диагностируемого рака их колоректальной аденокарциномы или холангиокарциномы и у которых имелись диагностические отчеты о мутации рака, доступные во время регистрации участников исследования. Команда использовала одноцветный цифровой ПЦР-анализ, который выявляет и количественно определяет мутации рака непосредственно из циркулирующей ДНК, собранной из плазмы больных раком. В основе этого подхода лежит использование красителя интеркалятора двухцепочечной ДНК и парных наборов ДНК-праймеров, специфичных для аллелей, для определения абсолютного количества мутаций и молекул ДНК, содержащих аллели дикого типа, присутствующие в образце.

Перед проведением цифровой капельной ПЦР (ddPCR) клеточные линии и фиксированные в формалине и залитые парафином (FFPE) образцы, содержащие геномную ДНК, были обработаны с помощью фрагментов рестриктазы EcoRI и подверглись дальнейшей обработке. ДНК, свободная от клеток пациента, не требовала ферментативной фрагментации, учитывая, что эти образцы уже сильно фрагментированы. Все процессы ddPCR были выполнены с использованием системы и протокола Bio-Rad EvaGreen QX200 ddPCR. После термического циклирования пластину переносили и считывали с помощью устройства Bio-Rad QX200.

В анализе бесклеточной ДНК в качестве входных данных используется 1 нг неамплифицированной ДНК, что составляет приблизительно 300 геномных эквивалентов, при этом существует молекулярный предел обнаружения трех мутантных эквивалентных по геному молекул ДНК для каждой аналитической реакции. После генерации индивидуализированных тестов на определение мутаций исследователи смогли идентифицировать циркулирующую опухолевую ДНК у трех из шести пациентов. У одного пациента анализ смог показать наличие трех различных мутаций. Для трех пациентов, у которых образцы не показали повышенные уровни раковой ДНК, во время сбора материала проводилось активное лечение.

Ханли П. Джи (Hanlee P. Ji), доктор медицины, адъюнкт-профессор и ведущий исследователь, говорит: “Молекулярные тесты, подобные тем, которые мы разработали, позволят пациентам проверять их состояние при каждом посещении и, следовательно, имеют потенциал для быстрого отслеживания роста и распространения рака. Более того, быстрый период реализации теста и относительно низкая стоимость, особенно по сравнению с секвенированием ДНК следующего поколения, предоставляют потенциальную возможность для универсального мониторинга большего числа пациентов, чем в настоящее время”. Исследование было опубликовано 14 августа 2017 года в The Journal of Molecular Diagnostics.




Print article
ELITech Group

Каналы

Химия

посмотреть канал
Масс-спектрометр высокого разрешения Synapt G2 (HDMS). Фото предоставлено Waters.

Метаболический анализ был применен для исследования мукополисахаридоза

Наследственные нарушения обмена веществ (ННОВ) представляют собой группу из примерно 500 редких заболеваний с общей оценкой... Читать дальше

Гематология

посмотреть канал
Автоматизированный гематологический анализатор KX-21 N (фото любезно предоставлено компанией Sysmex).

Проведено сравнение биомаркеров серповидных эритроцитов и гемоглобина, входящего в состав серповидных эритроцитов

Серповидно-клеточная болезнь представляет собой группу наследственных заболеваний, которая включает серповидно-клеточную анемию.... Читать дальше

Иммунология

посмотреть канал
Микрофотография, показывающая инфильтрационные опухолевые лимфоциты при колоректальной карциноме. Окрашивание гематоксилином и эозином. Инфильтрационные опухолевые лимфоциты (ИОЛ) указывают на микросателлитную нестабильность (фото любезно предоставлено Wikimedia).

Микроокружение опухолей может предоставить биомаркер для женщин с трижды негативным раком молочной железы

Исследователи обнаружили, что присутствие инфильтрирующих опухолей лимфоцитов (ИОЛ) значительно варьировалось в опухолях... Читать дальше

Микробиология

посмотреть канал
Бета-гемолитические колонии различаются в агаровых культурах с альфа-гемолитическим стрептококком пневмонии. (A) Флуоресцентные и яркие изображения чистых и смешанных бактериальных колоний в агаре BHI с L-Hoechst (фото любезно предоставлено Биологической лабораторией Temasek).

Липидные везикулы заменяют кровь в новом бактериальном тесте

Бета-гемолитические бактерии – это патогены, которые часто виновны в болезнях, встречающихся среди школьников.... Читать дальше

Патология

посмотреть канал
Микрофотография, показывающая бластомицеты, окрашенные реактивом Шиффа (Periodic Acid Schiff, PAS). Обратите внимание на зарождающийся микроорганизм (стрелка) и лежащую в основе пиогранулематозную воспалительную реакцию на заднем плане (фото любезно предоставлено Университетом Алабамы в Бирмингеме).

Пациенты с ослабленным иммунитетом имеют риск развития бластомикоза

Большинство инвазивных грибковых инфекций у пациентов с ослабленным иммунитетом вызываются Zygomycetes, Aspergillus и Candida,... Читать дальше

Лаб. технология

посмотреть канал
Бумажное диагностическое устройство, которое обнаруживает биомаркеры и идентифицирует болезни путем проведения электрохимических анализов. Тесты меняют цвет, демонстрируя определенные результаты. Устройство можно подключить к портативному потенциостату, показанному слева (фото любезно предоставлено Университетом Пердью, Аникет Паль (Aniket Pal)).

Одноразовое портативное устройство поможет проводить исследования в районах с недостаточным доступом к ресурсам

В недавно опубликованной статье описывается новое диагностическое устройство, изготовленное из различных типов бумаги, которое... Читать дальше

Индустрия

посмотреть канал
Прогнозы говорят о том, к 2022 году мировой рынок иммунохроматографических анализов вырастет до 8,24 миллиардов долларов США (фото любезно предоставлено Alere).

Мировой рынок иммунохроматографических анализов на тест-полосках превысит 8 миллиардов к 2022 году

По прогнозам, мировой рынок иммунохроматографических анализов (ИХА) на тест-полосках вырастет с совокупными темпами годового... Читать дальше
Copyright © 2000-2017 Globetech Media. All rights reserved.