Разделы Партнеры Информация LinkXpress
Вход
Реклама на сайте

Мероприятия

26 Feb 2018 - 01 Mar 2018
05 Mar 2018 - 06 Mar 2018

Анализ циркулирующей ДНК выявляет раковые мутации

Редакция HospiMedica - Россия
Опубликовано 25 Sep 2017
Print article
Считыватель капель QX200 Droplet для EvaGreen или применений цифровой зондовой PCR для использования с цифровой системой QC200 Droplet (фото предоставлено лабораториями Bio-Rad Laboratories).
Считыватель капель QX200 Droplet для EvaGreen или применений цифровой зондовой PCR для использования с цифровой системой QC200 Droplet (фото предоставлено лабораториями Bio-Rad Laboratories).
У раковых пациентов апоптотические и некротические опухолевые клетки высвобождают фрагменты своей ДНК в кровь. Такие ДНК обычно называют циркулирующей опухолевой ДНК (ctDNA), и они могут быть использованы для секвенирования ДНК или анализов молекулярного генотипирования для идентификации и количественного измерения молекул ctDNA, несущих соматические мутации.

Анализ с помощью одноцветной цифровой полимеразной цепной реакции (ПЦР) дает несколько преимуществ перед другими методами анализа циркулирующей опухолевой ДНК, по сравнению с направленным секвенированием следующего поколения и цифровыми ПЦР-анализами на основе флуоресцентного зонда. Главное преимущество заключается в том, что новый метод не полагается на предварительную амплификацию, которая может приводить к ошибкам и искажениям.

Ученые из Стэнфордского университета (Пало-Альто, Калифорния) получили образцы крови от пациентов, которым было сделано секвенирование гена диагностируемого рака их колоректальной аденокарциномы или холангиокарциномы и у которых имелись диагностические отчеты о мутации рака, доступные во время регистрации участников исследования. Команда использовала одноцветный цифровой ПЦР-анализ, который выявляет и количественно определяет мутации рака непосредственно из циркулирующей ДНК, собранной из плазмы больных раком. В основе этого подхода лежит использование красителя интеркалятора двухцепочечной ДНК и парных наборов ДНК-праймеров, специфичных для аллелей, для определения абсолютного количества мутаций и молекул ДНК, содержащих аллели дикого типа, присутствующие в образце.

Перед проведением цифровой капельной ПЦР (ddPCR) клеточные линии и фиксированные в формалине и залитые парафином (FFPE) образцы, содержащие геномную ДНК, были обработаны с помощью фрагментов рестриктазы EcoRI и подверглись дальнейшей обработке. ДНК, свободная от клеток пациента, не требовала ферментативной фрагментации, учитывая, что эти образцы уже сильно фрагментированы. Все процессы ddPCR были выполнены с использованием системы и протокола Bio-Rad EvaGreen QX200 ddPCR. После термического циклирования пластину переносили и считывали с помощью устройства Bio-Rad QX200.

В анализе бесклеточной ДНК в качестве входных данных используется 1 нг неамплифицированной ДНК, что составляет приблизительно 300 геномных эквивалентов, при этом существует молекулярный предел обнаружения трех мутантных эквивалентных по геному молекул ДНК для каждой аналитической реакции. После генерации индивидуализированных тестов на определение мутаций исследователи смогли идентифицировать циркулирующую опухолевую ДНК у трех из шести пациентов. У одного пациента анализ смог показать наличие трех различных мутаций. Для трех пациентов, у которых образцы не показали повышенные уровни раковой ДНК, во время сбора материала проводилось активное лечение.

Ханли П. Джи (Hanlee P. Ji), доктор медицины, адъюнкт-профессор и ведущий исследователь, говорит: “Молекулярные тесты, подобные тем, которые мы разработали, позволят пациентам проверять их состояние при каждом посещении и, следовательно, имеют потенциал для быстрого отслеживания роста и распространения рака. Более того, быстрый период реализации теста и относительно низкая стоимость, особенно по сравнению с секвенированием ДНК следующего поколения, предоставляют потенциальную возможность для универсального мониторинга большего числа пациентов, чем в настоящее время”. Исследование было опубликовано 14 августа 2017 года в The Journal of Molecular Diagnostics.




Print article

Каналы

Химия

посмотреть канал
Система BCS XP – один из наиболее широко используемых, полностью автоматизированных анализаторов гемостаза (фото предоставлено компанией Siemens Healthineers).

Комплексное определение метаболического профиля рассмотрено при хроническом воспалении

Воспаление является ответной реакцией организма на повреждающие воздействия, связанные с активацией различных молекулярных механизмов.... Читать дальше

Гематология

посмотреть канал
Мазок периферической крови, взятой у пациента с эозинофилией, в котором видны пять эозинофилов (фото любезно предоставлено Госпиталем для больных детей в Торонто).

Связанный с уровнем эозинофилов биомаркер способствует выявлению агрессивной формы воспалительного заболевания кишечника

Эозинофилия периферической крови при воспалительном заболевании кишечника связана с неспецифическим язвенным колитом и активным... Читать дальше

Иммунология

посмотреть канал
Диагностика, понимание и лечение болезни Крона будут, по всей видимости, упрощены благодаря исследованию, направленному на разработку лучшего анализа крови для диагностики заболевания (фото любезно предоставлено Университетом штата Аризона).

Иммунопротеомика определяет новые биомаркеры для диагностики болезни Крона

Исследование, базирующееся на новом методе скрининга и направленное на разработку лучшего анализа крови для обнаружения болезни... Читать дальше

Микробиология

посмотреть канал
Анализ Aptima на Mycoplasma genitalium (фото любезно предоставлено Hologic).

Проведена оценка нового анализа Aptima на Mycoplasma genitalium

Возбудитель Mycoplasma genitalium (MG) часто вызывает негонококковый уретрит у мужчин , а также связан с цервицитом, воспалительным... Читать дальше

Патология

посмотреть канал
Сканирующая электронная микрофотография (SEM) клеток рака молочной железы (фото любезно предоставлено SPL).

Анализ крови выявляет резистентность к препаратам, направленным на ген рака молочной железы (BRCA)

Устойчивость к химиотерапии на основе препаратов платины или ингибированию PARP в зародышевой линии носителей мутации BRCA1... Читать дальше

Лаб. технология

посмотреть канал
Система сбора культур крови SteriPath Gen2 (фото любезно предоставлено Magnolia Medical Technologies).

Использование специального устройства привело к снижению уровня контаминации культур крови

Использование механического устройства для извлечения исходных образцов при обучении персонала привело к почти четырехкратному... Читать дальше

Индустрия

посмотреть канал
По прогнозам специалистов, рынок анализов клинической химии будет расти на 3% в течение следующих пяти лет до 19,7 миллиардов долларов США в 2021 году (фото любезно предоставлено Shutterstock).

Рынок клинической химии достигнет 19,7 миллиардов долларов США в 2021 году

Ожидается, что рынок анализов клинической химии будет расти на 3% в течение следующих пяти лет, начиная с 17,8 миллиардов... Читать дальше
Copyright © 2000-2018 Globetech Media. All rights reserved.