Разделы Партнеры Информация LinkXpress
Вход
Реклама на сайте
SIGMA ALDRICH CORP.

BIO-RAD LABORATORIES

Provides full range of instrumentation, reagent kits, software and quality control systems to clinical laboratories. ... читать дальше Продукция: Больше продуктов

Анализ циркулирующей ДНК выявляет раковые мутации

Редакция HospiMedica - Россия
Опубликовано 25 Sep 2017
Print article
Считыватель капель QX200 Droplet для EvaGreen или применений цифровой зондовой PCR для использования с цифровой системой QC200 Droplet (фото предоставлено лабораториями Bio-Rad Laboratories).
Считыватель капель QX200 Droplet для EvaGreen или применений цифровой зондовой PCR для использования с цифровой системой QC200 Droplet (фото предоставлено лабораториями Bio-Rad Laboratories).
У раковых пациентов апоптотические и некротические опухолевые клетки высвобождают фрагменты своей ДНК в кровь. Такие ДНК обычно называют циркулирующей опухолевой ДНК (ctDNA), и они могут быть использованы для секвенирования ДНК или анализов молекулярного генотипирования для идентификации и количественного измерения молекул ctDNA, несущих соматические мутации.

Анализ с помощью одноцветной цифровой полимеразной цепной реакции (ПЦР) дает несколько преимуществ перед другими методами анализа циркулирующей опухолевой ДНК, по сравнению с направленным секвенированием следующего поколения и цифровыми ПЦР-анализами на основе флуоресцентного зонда. Главное преимущество заключается в том, что новый метод не полагается на предварительную амплификацию, которая может приводить к ошибкам и искажениям.

Ученые из Стэнфордского университета (Пало-Альто, Калифорния) получили образцы крови от пациентов, которым было сделано секвенирование гена диагностируемого рака их колоректальной аденокарциномы или холангиокарциномы и у которых имелись диагностические отчеты о мутации рака, доступные во время регистрации участников исследования. Команда использовала одноцветный цифровой ПЦР-анализ, который выявляет и количественно определяет мутации рака непосредственно из циркулирующей ДНК, собранной из плазмы больных раком. В основе этого подхода лежит использование красителя интеркалятора двухцепочечной ДНК и парных наборов ДНК-праймеров, специфичных для аллелей, для определения абсолютного количества мутаций и молекул ДНК, содержащих аллели дикого типа, присутствующие в образце.

Перед проведением цифровой капельной ПЦР (ddPCR) клеточные линии и фиксированные в формалине и залитые парафином (FFPE) образцы, содержащие геномную ДНК, были обработаны с помощью фрагментов рестриктазы EcoRI и подверглись дальнейшей обработке. ДНК, свободная от клеток пациента, не требовала ферментативной фрагментации, учитывая, что эти образцы уже сильно фрагментированы. Все процессы ddPCR были выполнены с использованием системы и протокола Bio-Rad EvaGreen QX200 ddPCR. После термического циклирования пластину переносили и считывали с помощью устройства Bio-Rad QX200.

В анализе бесклеточной ДНК в качестве входных данных используется 1 нг неамплифицированной ДНК, что составляет приблизительно 300 геномных эквивалентов, при этом существует молекулярный предел обнаружения трех мутантных эквивалентных по геному молекул ДНК для каждой аналитической реакции. После генерации индивидуализированных тестов на определение мутаций исследователи смогли идентифицировать циркулирующую опухолевую ДНК у трех из шести пациентов. У одного пациента анализ смог показать наличие трех различных мутаций. Для трех пациентов, у которых образцы не показали повышенные уровни раковой ДНК, во время сбора материала проводилось активное лечение.

Ханли П. Джи (Hanlee P. Ji), доктор медицины, адъюнкт-профессор и ведущий исследователь, говорит: “Молекулярные тесты, подобные тем, которые мы разработали, позволят пациентам проверять их состояние при каждом посещении и, следовательно, имеют потенциал для быстрого отслеживания роста и распространения рака. Более того, быстрый период реализации теста и относительно низкая стоимость, особенно по сравнению с секвенированием ДНК следующего поколения, предоставляют потенциальную возможность для универсального мониторинга большего числа пациентов, чем в настоящее время”. Исследование было опубликовано 14 августа 2017 года в The Journal of Molecular Diagnostics.




Print article

Каналы

Химия

посмотреть канал
Подтверждено наличие бета-амилоидных димеров в мозгах человека с болезнью Альцгеймера (фото предоставлено Институтом исследований в области биомедицины).

У пациентов с болезнью Альцгеймера обнаружены бета-амилоидные димеры

Наиболее широко используемыми биомаркерами для раннего выявления болезни Альцгеймера (БА) в настоящее время являются концентрации... Читать дальше

Гематология

посмотреть канал
Клинический проточный цитометр Navios (фото любезно предоставлено Beckman Coulter).

Метод проточной цитометрии оценен для сигнальных путей

Агрегация тромбоцитов является ключевым параметром при артериальном тромбозе, что приводит к инфаркту миокарда или ишемическому... Читать дальше

Иммунология

посмотреть канал
Времяпролётный масс-спектрометр с матрично-активированной лазерной десорбцией/ионизацией SimulToF (фото любезно предоставлено Virgin Instruments).

Белковая подпись влияет на исход при метастатической меланоме

Клинические результаты метастатической меланомы при применении антител ниволумаба и пембролизумаба, действующих против PD-1... Читать дальше

Микробиология

посмотреть канал
Гистопатология воспалительного инфильтрата глубоких вен со стенкой, диссоциированной отеком, наблюдаемая при поражении кожи у пациента с проказой, страдающего эпизодом узловатой эритемы (фото любезно предоставлено Институтом Освальдо Круса).

У пациентов с проказой обнаружены необычные кровяные сгустки

Проказа представляет собой хроническую инфекцию Mycobacterium leprae и вызывает общеорганизменные симптомы, деформации и инвалидность.... Читать дальше

Патология

посмотреть канал
: nanoLC-Ultra 1D+ для жидкостной хроматографии (фото любезно предоставлено Eksigent).

Определены биомаркеры для синдрома раздраженного кишечника

Причины желудочно-кишечных расстройств при синдроме раздраженного кишечника (СРК) остаются недостаточно изученными.... Читать дальше

Лаб. технология

посмотреть канал
Недорогая портативная лаборатория на основе телефона, которая способна интерпретировать результаты микропланшетного анализа (фото любезно предоставлено Вашингтонским университетом).

Считыватель на основе смартфона способен обнаруживать распространенные патогены

В сельских районах или районах с низким уровнем ресурсов врачам иногда приходится полагаться на симптомы пациента или использовать... Читать дальше

Индустрия

посмотреть канал
GE Healthcare и Roche вступили в партнерство для совместной разработки и маркетинга программного обеспечения для поддержки принятия клинических решений (фото любезно предоставлено iStock).

GE Healthcare и Roche вступили в партнерство для разработки платформы цифровой диагностики

GE Healthcare (Чикаго, штат Иллинойс, США) и Roche (Базель, Швейцария) вступили в стратегическое долгосрочное партнерство,... Читать дальше
Copyright © 2000-2018 Globetech Media. All rights reserved.