Мы используем технологию cookie для понимания того, как вы пользуетесь нашим сайтом. Под этим подразумевается персонализированный контент и реклама. Для того, чтобы узнать больше - нажмите сюда. Пользуясь данным сайтом вы подтверждаете согласие с нашей политикой. Политика cookie.
Please note that the LabMedica website is also available in a complete English version
Разделы Партнеры Информация LinkXpress
Вход
Реклама на сайте
BECKMAN COULTER, INC.

Мобильное Приложение




Нанопоровое секвенирование позволяет проводить наблюдение за вспышками заболеваний

Редакция HospiMedica - Россия
Опубликовано 22 Oct 2018
Print article
Ультранаправленный набор для подготовки библиотеки РНК NEBNext (фото любезно предоставлено New England Biolabs).
Ультранаправленный набор для подготовки библиотеки РНК NEBNext (фото любезно предоставлено New England Biolabs).
Вспышки лихорадки неизвестного происхождения начинаются с неспецифических симптомов, а методы определения заболевания развиваются и адаптируются медленно, поэтому выявление возбудителя имеет решающее значение для обеспечения надлежащих методов лечения и контроля.

В качестве альтернативного метода для полимеразной цепной реакции в молекулярной диагностике для идентификации патогена, ответственного за вспышку, может быть применена метагеномика путем секвенирования всех нуклеиновых кислот, присутствующих в экстракте образца. Полученные данные секвенирования могут идентифицировать новые или варианты известных агентов.

Международная группа научных сотрудников, возглавляемая учеными из Геттингенского университета (University of Göttingen; Гёттинген, Германия), изучила протокол секвенирования, основанный на изотермической амплификации с множественным вытеснением цепи и нанопоровом секвенировании, чтобы обеспечить идентификацию возбудителя в образце. Чтобы осуществить процедуру, был использован образец, состоящий из супернатанта из культуры тканей вируса Зика. Команда экстрагировала РНК и выполнила обратную транскрипцию, которая также элиминировала геномную ДНК, а затем был использован мРНК-набор NEBext для подготовки образца.

Группа сообщила, что эта процедура заняла менее семи часов, включая подготовку образца и анализ данных с использованием оффлайнового поиска BLAST. После секвенирования на MinIon был применен индивидуализированный биоинформатический процесс. Как правило, данные нанопорового секвенирования анализируются в облаке, но это невозможно в полевых условиях. Всего было извлечено 63 678 файлов с последовательностями, охватывающими около 10 000 оснований. Поиск BLAST показал наличие вируса Зика. Последовательности вируса Зика были идентифицированы примерно в 4% показаний.

Доктор философии Абд Эль Вайд (Abd El Wahed), старший автор исследования, сказал: "Одной из ключевых особенностей для секвенирования в полевых условиях было обеспечение возможности, чтобы все реагенты и оборудование могли оставаться в надлежащем состоянии без необходимости охлаждения или хранения во льду. Реагенты, выбранные учеными, могут использоваться при температуре 25 °C в течение одного дня, но для длительного хранения все равно будет необходим холодильник". Исследование было опубликовано в журнале Journal of Clinical Virology в сентябре 2018 года.

Ссылки по теме:
Геттингенский университет


Print article
BIOHIT  Healthcare OY

Каналы

Химия

посмотреть канал
Анализатор газов крови ABL800 FLEX (фото предоставлено Radiometer Medical).

Соотношение лимфоциты/нейтрофилы и уровни лактата прогнозируют летальность у пациентов с сепсисом

Сепсис является основной причиной наступления смерти от инфекции, а также одной из ведущих причин летальности в отделении... Читать дальше

Молекулярная диагностика

посмотреть канал
Epi ProColon является скрининг-тестом на колоректальный рак на основе крови - анализ полимеразной цепной реакции in vitro для качественного определения метилирования гена Septin9 в ДНК, выделенной из плазмы пациента (фото любезно предоставлено Epigenomics).

Анализ крови дополняет колоноскопию для пациентов с синдромом Линча

Люди с синдромом Линча (СЛ) генетически предрасположены к высокому риску колоректального рака (КРР), и регулярная колоноскопия... Читать дальше

Гематология

посмотреть канал
Жертвы с серьезными травмами, которые получают переливания единиц эритроцитарной массы, хранящихся в течение 22 дней или больше, могут столкнуться с повышенным риском смерти в течение 24 часов (фото любезно предоставлено службой патологии юго-западного Лондона /South West London Pathology/).

Переливание крови, бывшей длительное время на хранении, связано с неблагоприятными явлениями

Ведущей причиной смерти после тяжелой травмы является потеря крови. Жертвы с серьезными травмами, которые получают переливания... Читать дальше

Иммунология

посмотреть канал
Химический анализатор RX Daytona – компактный, полностью автоматизированный настольный клинический химический анализатор, идеально подходящий для лабораторий с малой и средней пропускной способностью (фото любезно предоставлено Randox Laboratories).

Мочевые биомаркеры позволяют диагностировать серьезные аллергические реакции почек

Острый интерстициальный нефрит (ОИН) представляет собой состояние, характеризующееся воспалением и отеком почечных канальцев... Читать дальше

Патология

посмотреть канал
Портативное устройство MasSpec Pen, которое можно подключить к масс-спектрометру для диагностики рака яичников и других видов рака (фото любезно предоставлено Техасским университетом в Остине).

Устройство Masspec Pen одобрено для быстрой диагностики рака

Рак яичников является заболеванием c чрезвычайно высокой смертностью и пятой по значимости причиной всех связанных с раком... Читать дальше

Лаб. технология

посмотреть канал
(A) и (B) – микрофотографии слоев устройства; (C) – пресс-форма, готовая к разливке, и (D) – чип, установленный на предметном стекле. Фото любезно предоставлено Государственным университетом Сан-Диего.

Микрофлюидное устройство изолирует кластеры циркулирующих опухолевых клеток

Тремя основными проблемами при лечении рака являются метастазы, рецидивы и приобретенная резистентность к терапии.... Читать дальше

Индустрия

посмотреть канал
По прогнозам специалистов, мировой рынок диагностики in vitro будет расти в период между 2017 и 2025 годами и к концу 2025 года достигнет почти 90 миллиардов долларов США (фото любезно предоставлено iStock).

К 2025 году мировой рынок диагностики in vitro достигнет 89 миллиардов долларов США

Мировой рынок диагностики in vitro был оценен в 55,00 миллиардов долларов США в 2016 году и, согласно прогнозам, будет расти... Читать дальше
Copyright © 2000-2019 Globetech Media. All rights reserved.