Мы используем технологию cookie для понимания того, как вы пользуетесь нашим сайтом. Под этим подразумевается персонализированный контент и реклама. Для того, чтобы узнать больше - нажмите сюда. Пользуясь данным сайтом вы подтверждаете согласие с нашей политикой. Политика cookie.
Разделы Партнеры Информация LinkXpress
Вход
Реклама на сайте
GLOBETECH PUBLISHING LLC

Мероприятия

21 Feb 2019 - 22 Feb 2019
26 Feb 2019 - 28 Feb 2019

Образцы из хранилищ остаточной ткани подходят для протеомики на основе масс-спектрометрии

Редакция HospiMedica - Россия
Опубликовано 27 Sep 2018
Print article
Гибридный квадрупольно-орбитальный масс-спектрометр Q Exactive (фото любезно предоставлено Thermo Fisher Scientific).
Гибридный квадрупольно-орбитальный масс-спектрометр Q Exactive (фото любезно предоставлено Thermo Fisher Scientific).
Протеомика на основе масс-спектрометрии стала мощным инструментом для идентификации и количественной оценки белков из широкого круга биологических образцов.

Большинство исследований с использованием образцов тканей было проведено на проспективно собранных свежезамороженных или полученных при оптимальных температурах резки (OTР) залитых образцах. Тем не менее такие образцы часто трудно получить в условиях ограниченных ресурсов, и в действительности необходимая клиническая информация и результаты пациентов поступают с задержкой, по сравнению с образцами, полученными из биобанка.

Ученые из Тихоокеанской северо-западной национальной лаборатории (Pacific Northwest National Laboratory; Ричленд, штат Вашингтон, США) и их коллеги проанализировали 60 образцов пациентов, полученных при проведении программы "Наблюдения, эпидемиология и конечные результаты" (Surveillance, Epidemiology, and End Results - SEER), из хранилищ остаточных тканей Национального института рака, где содержатся образцы от более чем 100 000 больных раком. Также была собрана подробная демографическая информация, данные о характеристиках опухоли, лечении, выживании и причине смерти. 60 образцов варьировались по периоду их хранения от 7 до 32 лет.

Команда использовала 10-ступенчатую маркировку с помощью тандемных массовых тегов (tandem mass tag - TMT) и разделила каждый образец на шесть фракций, каждый из которых затем исследовался в процессе 100-минутного анализа нано-жидкостной хроматографии на инструменте Q-Exactive Plus. Для фосфопептидного анализа была использована афинная хроматография с обогащением на иммобилизованных ионах металла (Immobilized Metal Affinity Chromatography - IMAC). Обнаружилось, что все 60 образцов обеспечивали достаточный материал для анализа экспрессии белка, а 18 из 60 образцов обеспечивали достаточный материал для работы с фосфопептидом.

Исследователи идентифицировали и количественно оценили в общей сложности 8582 белка и 8073 фосфопептида в наборе образцов SEER, что указывает на то, что зафиксированная формалином и залитая парафином (ЗФЗП) ткань поддается масс-спектрометрическому анализу для протеомики. Идентификация белков была снижена по сравнению с идентификацией, возможной в сопоставимых образцах, полученных при ОТР и залитых компаундом. По сравнению с образцами ОТР, идентификация пептидов, белков и фосфопептидов была снижена на 50%, 20% и 76% соответственно.

Доктор философии Карин Д, Роланд (Karin D. Rodland), специалист по масс-спектрометрии и старший автор исследования, сказала: "В течение 12-15 лет были доступны коммерческие наборы для извлечения белков из блоков ЗФЗП, и, на первый взгляд, выходы белка из блоков ЗФЗП оказывались не так уж плохи. Но в то время у технологии масс-спектрометрии скорость идентификации была очень низкой. Вы просто не получали хороший выход протеома из блоков ЗФЗП. Высказывалось предположение, что сшивание с формалином приводило к утрате идентификации. Однако усовершенствования в технологии масс-спектрометрии обеспечили инструменты с более высокой чувствительностью и лучшим разрешением, которые способны работать с меньшим количеством образцов". Исследование было опубликовано 3 августа 2018 года в журнале Clinical Proteomics.

Ссылки по теме:
Тихоокеанская северо-западная национальная лаборатория


Print article
Mayo Medical Laboratories
Informa Life Sciences Exhibitions

Каналы

Химия

посмотреть канал
Новое исследование показывает, что высокочувствительный тест на С-реактивный белок используется в недостаточной мере (фото любезно предоставлено Bluehorizon).

Высокочувствительное СРБ-тестирование используется в недостаточной мере

Инфаркт миокарда, инсульт и смертность от атеротромботических сердечно-сосудистых заболеваний представляют собой нарушения,... Читать дальше

Молекулярная диагностика

посмотреть канал
Trypanosoma cruzi в тонких мазках крови, окрашенных по Гимзе (фото любезно предоставлено Центрами по контролю и профилактике заболеваний).

Для диагностики болезни Шагаса улучшена техника выделения ДНК

Болезнь Шагаса, вызываемая простейшим паразитом Trypanosoma cruzi, является эндемической во многих частях Северной и Южной... Читать дальше

Гематология

посмотреть канал
Пунктат костного мозга у пациента с множественной миеломой с плазмоцитозом (фото любезно предоставлено Медицинской школой им. Файнберга /Feinberg School of Medicine/).

РНК-дефекты связаны с прогрессированием множественной миеломы

Множественная миелома (ММ) является вторым наиболее распространенным типом рака крови, при котором раковые клетки накапливаются... Читать дальше

Иммунология

посмотреть канал
ИФА-тест PicoAMH измеряет количество антимюллерового гормона (AMH) в крови (фото любезно предоставлено Ansh Labs).

Диагностический тест помогает определить менопаузальный статус

Менопауза - это период в жизни женщины, когда у нее прекращается менструальный цикл и она перестает быть фертильной.... Читать дальше

Микробиология

посмотреть канал
Тест на выявление вируса Эбола получил разрешение для использования в экстренных случаях (фото любезно предоставлено Chembio Diagnostic Systems).

Тест на выявление вируса Эбола с портативным считывателем разрешен для использования в экстренных случаях

Эбола - это редкий, но смертельный вирус, вызывающий лихорадку, боли в теле и диарею, а иногда внутреннее и наружное кровотечение.... Читать дальше

Патология

посмотреть канал
Анализ крови для мониторинга трансплантации органов с использованием секвенирования ДНК (фото любезно предоставлено Национальным институтом болезней сердца, легких и крови).

Анализ крови улучшает выявление тяжелого отторжения трансплантата

Пациенты с пересаженным легким имеют наименьшую выживаемость среди лиц, перенесших трансплантацию цельного органа любого... Читать дальше

Индустрия

посмотреть канал
Прогнозируется, что мировой рынок портативных анализов мочи вырастет более чем на 3% в период между 2018 и 2022 годами (фото любезно предоставлено Technavio Research).

Глобальный рынок портативных анализов мочи обусловлен распространением нефропатических расстройств и инфекций мочевыводящих путей

Прогнозируется, что мировой рынок портативных анализов мочи будет расти с совокупными темпами годового роста на уровне более... Читать дальше
Copyright © 2000-2019 Globetech Media. All rights reserved.