Мы используем технологию cookie для понимания того, как вы пользуетесь нашим сайтом. Под этим подразумевается персонализированный контент и реклама. Для того, чтобы узнать больше - нажмите сюда. Пользуясь данным сайтом вы подтверждаете согласие с нашей политикой. Политика cookie.
Please note that the LabMedica website is also available in a complete English version
Разделы Партнеры Информация LinkXpress
Вход
Реклама на сайте
RANDOX LABORATORIES

Мобильное Приложение




Образцы из хранилищ остаточной ткани подходят для протеомики на основе масс-спектрометрии

Редакция HospiMedica - Россия
Опубликовано 27 Sep 2018
Print article
Гибридный квадрупольно-орбитальный масс-спектрометр Q Exactive (фото любезно предоставлено Thermo Fisher Scientific).
Гибридный квадрупольно-орбитальный масс-спектрометр Q Exactive (фото любезно предоставлено Thermo Fisher Scientific).
Протеомика на основе масс-спектрометрии стала мощным инструментом для идентификации и количественной оценки белков из широкого круга биологических образцов.

Большинство исследований с использованием образцов тканей было проведено на проспективно собранных свежезамороженных или полученных при оптимальных температурах резки (OTР) залитых образцах. Тем не менее такие образцы часто трудно получить в условиях ограниченных ресурсов, и в действительности необходимая клиническая информация и результаты пациентов поступают с задержкой, по сравнению с образцами, полученными из биобанка.

Ученые из Тихоокеанской северо-западной национальной лаборатории (Pacific Northwest National Laboratory; Ричленд, штат Вашингтон, США) и их коллеги проанализировали 60 образцов пациентов, полученных при проведении программы "Наблюдения, эпидемиология и конечные результаты" (Surveillance, Epidemiology, and End Results - SEER), из хранилищ остаточных тканей Национального института рака, где содержатся образцы от более чем 100 000 больных раком. Также была собрана подробная демографическая информация, данные о характеристиках опухоли, лечении, выживании и причине смерти. 60 образцов варьировались по периоду их хранения от 7 до 32 лет.

Команда использовала 10-ступенчатую маркировку с помощью тандемных массовых тегов (tandem mass tag - TMT) и разделила каждый образец на шесть фракций, каждый из которых затем исследовался в процессе 100-минутного анализа нано-жидкостной хроматографии на инструменте Q-Exactive Plus. Для фосфопептидного анализа была использована афинная хроматография с обогащением на иммобилизованных ионах металла (Immobilized Metal Affinity Chromatography - IMAC). Обнаружилось, что все 60 образцов обеспечивали достаточный материал для анализа экспрессии белка, а 18 из 60 образцов обеспечивали достаточный материал для работы с фосфопептидом.

Исследователи идентифицировали и количественно оценили в общей сложности 8582 белка и 8073 фосфопептида в наборе образцов SEER, что указывает на то, что зафиксированная формалином и залитая парафином (ЗФЗП) ткань поддается масс-спектрометрическому анализу для протеомики. Идентификация белков была снижена по сравнению с идентификацией, возможной в сопоставимых образцах, полученных при ОТР и залитых компаундом. По сравнению с образцами ОТР, идентификация пептидов, белков и фосфопептидов была снижена на 50%, 20% и 76% соответственно.

Доктор философии Карин Д, Роланд (Karin D. Rodland), специалист по масс-спектрометрии и старший автор исследования, сказала: "В течение 12-15 лет были доступны коммерческие наборы для извлечения белков из блоков ЗФЗП, и, на первый взгляд, выходы белка из блоков ЗФЗП оказывались не так уж плохи. Но в то время у технологии масс-спектрометрии скорость идентификации была очень низкой. Вы просто не получали хороший выход протеома из блоков ЗФЗП. Высказывалось предположение, что сшивание с формалином приводило к утрате идентификации. Однако усовершенствования в технологии масс-спектрометрии обеспечили инструменты с более высокой чувствительностью и лучшим разрешением, которые способны работать с меньшим количеством образцов". Исследование было опубликовано 3 августа 2018 года в журнале Clinical Proteomics.

Ссылки по теме:
Тихоокеанская северо-западная национальная лаборатория


Print article

Каналы

Химия

посмотреть канал
Автоматизированная система DS2 ELISA (фото любезно предоставлено Dynex Technologies).

Условия хранения образцов влияют на уровни содержания альбумина и креатинина в моче

Было установлено, что умеренно повышенная экскреция альбумина с мочой, ранее известная как микроальбуминурия, является фактором... Читать дальше

Молекулярная диагностика

посмотреть канал
Анализ крови Natera выявляет рецидивы рака молочной железы (фото любезно предоставлено Университетом Лестера).

Персонализированное выявление цоДНК предвосхищает рак молочной железы

Рак молочной железы является одним из наиболее часто диагностируемых видов рака во всем мире, это вторая по значимости причина... Читать дальше

Гематология

посмотреть канал
Жертвы с серьезными травмами, которые получают переливания единиц эритроцитарной массы, хранящихся в течение 22 дней или больше, могут столкнуться с повышенным риском смерти в течение 24 часов (фото любезно предоставлено службой патологии юго-западного Лондона /South West London Pathology/).

Переливание крови, бывшей длительное время на хранении, связано с неблагоприятными явлениями

Ведущей причиной смерти после тяжелой травмы является потеря крови. Жертвы с серьезными травмами, которые получают переливания... Читать дальше

Иммунология

посмотреть канал
ИФА-тест PicoAMH измеряет количество антимюллерового гормона (AMH) в крови (фото любезно предоставлено Ansh Labs).

Диагностический тест помогает определить менопаузальный статус

Менопауза - это период в жизни женщины, когда у нее прекращается менструальный цикл и она перестает быть фертильной.... Читать дальше

Микробиология

посмотреть канал
Цифровая капельная ПЦР-система QX200 (фото любезно предоставлено Bio-Rad).

Олигобациллярная лепра может быть диагностирована с помощью цифрового ПЦР-анализа

Проказа, или болезнь Хансена, является хроническим бактериальным заболеванием, вызываемым Mycobacterium leprae.... Читать дальше

Патология

посмотреть канал
Диаграмма эволюционных траекторий глиобластом IDH-WT, демонстрирующая типичный путь раннего онкогенеза, инициированного за несколько лет до первоначальной диагностики (фото любезно предоставлено Немецким онкологическим исследовательским центром German Cancer Research Center).

Мутации драйвера развития глиобластомы появляются задолго до постановки диагноза

Глиобластомы являются наиболее распространенной (раковой) первичной опухолью головного мозга у взрослых. В редких случаях... Читать дальше

Индустрия

посмотреть канал
По прогнозам специалистов, мировой рынок диагностики in vitro будет расти в период между 2017 и 2025 годами и к концу 2025 года достигнет почти 90 миллиардов долларов США (фото любезно предоставлено iStock).

К 2025 году мировой рынок диагностики in vitro достигнет 89 миллиардов долларов США

Мировой рынок диагностики in vitro был оценен в 55,00 миллиардов долларов США в 2016 году и, согласно прогнозам, будет расти... Читать дальше
Copyright © 2000-2019 Globetech Media. All rights reserved.