Мы используем технологию cookie для понимания того, как вы пользуетесь нашим сайтом. Под этим подразумевается персонализированный контент и реклама. Для того, чтобы узнать больше - нажмите сюда. Пользуясь данным сайтом вы подтверждаете согласие с нашей политикой. Политика cookie.
Разделы Партнеры Информация LinkXpress
Вход
Реклама на сайте
GLOBETECH PUBLISHING LLC

Образцы из хранилищ остаточной ткани подходят для протеомики на основе масс-спектрометрии

Редакция HospiMedica - Россия
Опубликовано 27 Sep 2018
Print article
Гибридный квадрупольно-орбитальный масс-спектрометр Q Exactive (фото любезно предоставлено Thermo Fisher Scientific).
Гибридный квадрупольно-орбитальный масс-спектрометр Q Exactive (фото любезно предоставлено Thermo Fisher Scientific).
Протеомика на основе масс-спектрометрии стала мощным инструментом для идентификации и количественной оценки белков из широкого круга биологических образцов.

Большинство исследований с использованием образцов тканей было проведено на проспективно собранных свежезамороженных или полученных при оптимальных температурах резки (OTР) залитых образцах. Тем не менее такие образцы часто трудно получить в условиях ограниченных ресурсов, и в действительности необходимая клиническая информация и результаты пациентов поступают с задержкой, по сравнению с образцами, полученными из биобанка.

Ученые из Тихоокеанской северо-западной национальной лаборатории (Pacific Northwest National Laboratory; Ричленд, штат Вашингтон, США) и их коллеги проанализировали 60 образцов пациентов, полученных при проведении программы "Наблюдения, эпидемиология и конечные результаты" (Surveillance, Epidemiology, and End Results - SEER), из хранилищ остаточных тканей Национального института рака, где содержатся образцы от более чем 100 000 больных раком. Также была собрана подробная демографическая информация, данные о характеристиках опухоли, лечении, выживании и причине смерти. 60 образцов варьировались по периоду их хранения от 7 до 32 лет.

Команда использовала 10-ступенчатую маркировку с помощью тандемных массовых тегов (tandem mass tag - TMT) и разделила каждый образец на шесть фракций, каждый из которых затем исследовался в процессе 100-минутного анализа нано-жидкостной хроматографии на инструменте Q-Exactive Plus. Для фосфопептидного анализа была использована афинная хроматография с обогащением на иммобилизованных ионах металла (Immobilized Metal Affinity Chromatography - IMAC). Обнаружилось, что все 60 образцов обеспечивали достаточный материал для анализа экспрессии белка, а 18 из 60 образцов обеспечивали достаточный материал для работы с фосфопептидом.

Исследователи идентифицировали и количественно оценили в общей сложности 8582 белка и 8073 фосфопептида в наборе образцов SEER, что указывает на то, что зафиксированная формалином и залитая парафином (ЗФЗП) ткань поддается масс-спектрометрическому анализу для протеомики. Идентификация белков была снижена по сравнению с идентификацией, возможной в сопоставимых образцах, полученных при ОТР и залитых компаундом. По сравнению с образцами ОТР, идентификация пептидов, белков и фосфопептидов была снижена на 50%, 20% и 76% соответственно.

Доктор философии Карин Д, Роланд (Karin D. Rodland), специалист по масс-спектрометрии и старший автор исследования, сказала: "В течение 12-15 лет были доступны коммерческие наборы для извлечения белков из блоков ЗФЗП, и, на первый взгляд, выходы белка из блоков ЗФЗП оказывались не так уж плохи. Но в то время у технологии масс-спектрометрии скорость идентификации была очень низкой. Вы просто не получали хороший выход протеома из блоков ЗФЗП. Высказывалось предположение, что сшивание с формалином приводило к утрате идентификации. Однако усовершенствования в технологии масс-спектрометрии обеспечили инструменты с более высокой чувствительностью и лучшим разрешением, которые способны работать с меньшим количеством образцов". Исследование было опубликовано 3 августа 2018 года в журнале Clinical Proteomics.

Ссылки по теме:
Тихоокеанская северо-западная национальная лаборатория


Print article

Каналы

Химия

посмотреть канал
Более высокие уровни воспалительного биомаркера растворимого рецептора-1  фактора некроза опухоли (sTNFR-1) связаны с ухудшением функции почек у здоровых взрослых людей (фото любезно предоставлено Enbrel).

Уровни воспалительного маркера связаны с ухудшением функции почек

Рецептор-1 фактора некроза опухоли (TNFR-1), который играет важную роль в дисфункции эндотелиальных клеток и воспалении,... Читать дальше

Молекулярная диагностика

посмотреть канал
Идентифицирована рекомбинация генов в нейронах, которая продуцирует тысячи новых вариантов генов в мозге человека с болезнью Альцгеймера (фото любезно предоставлено Институтом медицинских открытий Сенфорд Бернам Пребис).

Рекомбинация ДНК в головном мозге связана с болезнью Альцгеймера

Болезнь Альцгеймера представляет собой кризисную ситуацию для общественного здравоохранения. Причина этого заболевания остается... Читать дальше

Гематология

посмотреть канал
Система HaloPlex обеспечивает быстрый, простой и эффективный анализ представляющих интерес участков генома для большого количества образцов (фото любезно предоставлено Agilent Technologies).

Идентифицированы мутации, которые служат причиной редкого расстройства костного мозга

Ученым удалось пролить свет на вопрос, на протяжении долгих лет волнующий медицинское сообщество: какие мутации ответственны... Читать дальше

Иммунология

посмотреть канал
Система IMMULITE 1000 – небольшой настольный иммунологический анализатор (фото предоставлено Siemens Healthcare Diagnostics).

Уровни IgA-нефропатии связаны с тяжестью заболевания

IgA- нефропатия (IgAN) является наиболее распространенной причиной первичного гломерулонефрита. IgAN может предопределять... Читать дальше

Микробиология

посмотреть канал
Набор Loopamp Malaria Pan Detection Kit - это качественный тест на обнаружение возбудителей малярии (Plasmodium ovale, P. vivax, P. malariae и P. falciparum) в образцах крови человека (фото любезно предоставлено Human Diagnostics Worldwide).

Комбинированные ДНК-технологии проанализированы на диагностику малярии

Малярия является одним из наиболее важных паразитарных инфекционных заболеваний, риску заражения которыми подвержена почти... Читать дальше

Патология

посмотреть канал
Принцип выявления рака с помощью теста IvyGene на основе анализа метилирования, использующего жидкую биопсию (фото предоставлено доктором Кевином Коннерсом).

Тест на основе анализа метилирования с использованием жидкой биопсии помогает обнаружить рак печени

Гепатоцеллюлярная карцинома (ГЦК) составляет около 75% случаев рака печени в США и имеет общепризнанные критерии скрининга.... Читать дальше

Индустрия

посмотреть канал
Ожидается, что глобальный рынок анализаторов гемостаза/коагуляции к 2026 году вырастет до 9,55 миллиардов долларов США, что обусловлено большей частью ростом числа заболеваний крови (фото любезно предоставлено Analyticon Biotechnologies.

Глобальный рынок анализаторов гемостаза/коагуляции достигнет 9,5 миллиардов долларов США к 2026 году

В 2017 году глобальный рынок анализаторов гемостаза/коагуляции оценивался в 3,65 миллиардов долларов США, и ожидается, что... Читать дальше
Copyright © 2000-2018 Globetech Media. All rights reserved.